Ústav vied o Zemi SAV tvoria dve organizačné zložky: Geologický odbor a Geofyzikálny odbor.
Geologický odbor tvoria dve pracoviská – v Bratislave a v Banskej Bystrici.
Geofyzikálny odbor tvorí pracovisko v Bratislave, Hurbanove, Starej Lesnej a sieť detašovaných pracovísk (observatóriá, seizmické a slapové stanice).
Geologický odbor a Geofyzikálny odbor sa členia na oddelenia.